2001年，组建青海大学农牧学院生物科学系。2004年，生物科学系成为青海大学直属系。2012年5月，在原青海大学生物科学系基础上成立青海大学生态环境工程学院。学院顺应国家生态文明建设战略和青海省生态立省战略、国家新兴战略性产业——生物医药产业和青藏高原特色生物资源保护利用产业发展的需求，先后设立生物技术、环境科学、生物工程、环境生态工程和生态学5个专业以及生态学一级学科和资源生物学交叉学科2个硕士学位授权点。全院62名教职工中，教授13名，副教授23名，博士生导师7名、硕士生导师21名，博士学位教师总人数为38名，博士比例达到61%。是青海大学教学院系中教师学历层次最高的学院之一。

拥有省级生物学重点学科、省级生物科学实验教学示范中心、省级分子生物学与生物化学重点实验室以及中美犹他绿色联盟—新能源示范中心、高原水生生物和生态研究所和青海大学生物产业技术发展研究所。自2002年以来，先后由清华大学、西北农林科技大学开展对学院的对口支援工作，在学科建设、师资培养、学生培养、实验室建设和科研合作等方面给予了大力支持。

近年来，学院1400人左右的在校本科生中内地生源和本地生源比为4:6。我院本科生的英语四、六级通过率和考研率一直名列全校前茅，20%以上的本科生进入中国科学院相关研究所、清华大学、南京大学、厦门大学、中国地质大学、湖南大学、兰州大学、贵州大学、西北农林科技大学等国内重点大学继续深造。在校本科生参加省级以上竞赛的比例达20%以上；每年获得国家奖学金、二炮奖学金、优秀学生奖学金等各类别奖学金的学生占学生总数的20%以上。本科生的毕业论文全部来自于教师的科研课题。学院积极整合校内外教育教学资源，积极创新本科人才培养模式，先后组建“高原生物学菁英班”和“三江源国家公园专业技术人才培养班”，与科研院所和国家公园管理部门联合培养生态保护本科专业人才。

学院拥有省级生物学重点学科、省级生物科学实验教学示范中心、省级分子生物学与生物化学重点实验室以及中美犹他绿色联盟—新能源示范中心、高原水生生物和生态研究所和青海大学生物产业技术发展研究所。近年来，学院积极组织力量，先后承担了省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室、三江源生态一流学科建设、生态学一级学科博士点硕士点和生态学本科专业等的申报工作，为国家重点实验室和三江源生态一流学科的获批贡献了力量。在校党委的领导下，在清华大学、西北农林科技大学的对口帮扶下，学科建设取得了长足的进步。学院围绕着生态学一流学科建设这一核心任务，2017年申报获批生态学一级学科硕士点，生态学本科专业于2018年开始招生。学院拥有国家级精品视频公开课、省级精品课程、校级精品课程各1门；一流课程7门、校级核心课程10门、校级课堂教学和考试综合改革建设4门、校级素质类选修课程建设4门、校级实验课程建设2门、校级课程思政示范课2门。主持完成校级教研教改项目17项、校级教材建设项目2项。

学院以青藏高原独特的区域优势和丰富的生物资源为研究对象，立足国家生态文明建设战略和“生态立省”战略，围绕青藏高原生物产业发展中的重大瓶颈问题，开展高原动物、植物和极端环境微生物资源保护和利用、青藏高原生态环境保护与评价、天然产物应用研究与开发等方面的研究。目前我院共承担各类科研项目48项，科研总金额2232.4万元；近3年共发表论文127篇，其中SCI收录论文58篇；2012年，《青海湖裸鲤物种保护技术研究》分获中国水产科学研究院科技进步奖二等奖和青海省科学技术进步奖二等奖各1项；2017年，《青海湖裸鲤人工增殖放流技术集成及应用》获青海省科学技术进步奖一等奖1项、《青海湖裸鲤人工增殖放流技术》获得中国水产科学研究院科技进步奖三等奖1项。2018年，学院成为青海省农牧业科技创新平台—冷水养殖产业技术转化研发与水生生物保护平台的技术依托单位，李长忠教授担任首席专家。

2002年清华大学对口支援青海大学生物科学系（2012年更名为生态环境工程学院）工作启动以来，在校党委正确领导和各相关单位的关心与支持下，清华大学生命科学学院（原生物科学与技术系）和环境学院领导和老师们的鼎立相助下，经过学院全体师生的齐心努力，学院在一流学科建设、课程建设、实验室建设、学位点建设、师资队伍建设和科研等方面取得了显著成效，初步建成了服务于全校生物类和非生物类本科生和硕士研究生理论教学和实践教学的公共基础平台，教学水平、管理水平和科研水平得到明显提高，为生态环境工程学院的长足发展奠定了坚实的基础。2011年，增列西北农林科技大学为对口支援单位，由西北农林科技大学生命科学学院和资源环境学院开展对口帮扶，并选派李玉平博士担任院领导。2015年，清华大学环境学院开始对口支援工作。

清华大学对口支援我院十七年来，生命科学学院党委书记吴庆余教授、院长王宏伟教授、副院长陈晔光教授、学位委员会主席张秀芳教授、副院长张荣庆教授、党委副书记兼生命科学实验教学示范中心主任张贵友副教授、示范中心主任屠萍官教授以及清华大学环境学院刘毅书记等来学院指导学科建设、人才培养和科学研究工作。

西北农林科技大学对口支援我院八年来，吕家珑院长、韦革宏院长、张帆副院长、陶士珩教授等亲临青海大学生态环境学院指导工作，指导学科建设和人才培养工作。

迄今为止，对口支援院校先后有近50人次来我院做学术报告，青海大学参加学术报告会的教师在1500人次以上。指导20多门本科课程建设，2次参加本科教学计划的修改论证，10多次修改完善平台建设项目。尤其是在国家重点实验室建设、生态学一流学科建设、生态学一级学科硕士点建设方面积极作为，助力申报工作。近年来，有30多名本科生到对口支援院校攻读学位。我院6名年轻教师到口支援院校攻读博士学位，有30多人次到对口支援院校进行单科进修和短期培训。

面对取得的成绩，我们对清华大学和西北农林科技大学的领导和老师们充满感激之情！面对未来，我们充满信心。我们将总结过去对口支援的经验，积极探索对口支援的新模式，开创对口支援工作的新局面。

随着2016年“省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室”、2017年青海大学三江源生态学科进入一流学科建设行列、生态学一级学科硕士授权点和生态学本科专业等的先后获批，生态学一流学科及其相关的学科群建设走上了快车道。全院师生在校党委的坚强领导下，紧紧抓住学校发展的有利时机，扎实推进学院师资队伍建设、提升科研能力、提高本科培养水平，勠力同心、迎难而上，续写新的篇章。