学院前身为青海大学生物科学系，始建于2001年。2012年，顺应国家生态文明建设战略和青海省生态立省战略需求，组建成立生态环境工程学院。学院是青海大学生态学世界一流学科的主要支撑院系，是“全国党建工作标杆院系”培育创建单位。

学院有生物学、生态学、环境科学与工程三个一级学科，其中生态学为世界一流建设学科，生物学为青海省重点学科；有生态学一级学科博士学位授权点，生态学、生物学一级学科和资源生物学交叉学科3个硕士学位授权点，生物与医药1个专业硕士学位授权类别。有生物技术、环境科学、生物工程、环境生态工程和生态学5个本科专业，生态学为国家级一流本科专业建设点，生物技术为青海省一流本科专业建设点，生态学和生物技术为青海省课程思政示范专业。《青藏高原生物与环境》为国家精品视频课程，《三江源生态》《细胞生物学I》为国家级一流本科课程，《三江源生态》《环境监测》《细胞生物学I》为省级一流本科课程，《生态监测与评价》《生态学学科前沿与进展》为省级课程思政示范课程，《土壤学》上线新华网“新华思政”平台。2023年，青海大学环境/生态学科进入全球ESI前1%。

现有教职工66名，其中教授12名、副教授23名、博士生导师12名、硕士生导师29名，具有博士学位教师占比为71%；有全国教育扶贫和乡村振兴专家1人、宝钢优秀教师奖获得者3人、青海省农牧业科技创新平台首席专家1人、青海省生物技术领域“人才小高地”高端人才1人、青海省优秀专家1人、青海省“135高层次人才”2人、青海省自然科学与工程技术学科带头人8人、青海省教学名师1人、青海省“昆仑英才”25人。有高原植物驯化与适应、高原动物适应与进化、高原极端环境微生物生态、高原生态系统评估与修复、高原环境过程与安全5个教学科研团队，1个团队被授予“青海高原工人先锋号”，1个团队入选人力资源社会保障部2025年专家服务团。

学院建筑面积3085m²，有教学、科研实验室44间，有农业农村部高原冷水鱼养殖与生态环境保护重点实验室、省级分子生物学与生物化学重点实验室、省级生物科学实验教学示范中心和省级生态环境实验教学示范中心；有仪器设备2300台（套），总价值4850万元。获批青海省“科技小院”1个，有22家校外教学实践基地。近三年，在研科研项目95项，其中国家级项目21项、省部级项目65项，总经费4554.4万元；获省部级科技进步奖6项。

学院现有本科生1612人、研究生312人。拥有“本科-硕士-博士”完整人才培养体系。与中国科学院西北高原生物研究所、省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室共建“高原生物学菁英班”，形成“3+1”拔尖创新人才培养新模式。先后有14名学生免试推荐到清华大学攻读硕士学位，本科生“大学英语四、六级通过率”“升学率”和“就业率”一直名列学校前茅。

习近平总书记指出：“保护好青海的生态环境，是国之大者”。面对新形势、新要求、新挑战，学院将以世界一流学科建设为引领，围绕立德树人根本任务，加强内涵建设，不断提升人才培养质量、科学研究水平、社会服务能力，为国家生态文明建设战略实施和青藏高原高质量发展做出更大贡献。